中心实施“3＋3＋2”的实践教学体系，即3个实验教学板块（即基础性实验课程、综合性实验课程、开放型创新性实验课程）、3个实践能力训练环节（即课程实习、专业实习和毕业论文）、2个结合（即教学与科学研究相结合、教学与专业实践相结合），注重学生专业基础能力、实践创新能力和社会适应能力的培养，所有实验教学方法都围绕着创新应用型人才培养的目标来展开。

1.“分层分类”实验教学方法

中心设立了3个不同层次的实验教学板块。基础性实验课程，针对环境与生态相关专业的低年级学生，注重基础生态环境实验能力的培养；综合性实验课程，针对高年级学生，注重学生综合实践能力的培养；开放型创新性实验，主要通过学生自主设计科研或竞赛项目为载体，实施导师制培养，强化科研创新能力的培养。

2. “任务驱动”实验教学方法

针对不同的实验或实践内容，由教师提出任务要求；学生自主组成团队，通过明确任务、明确分工、明确内容的情况下，针对综合性实验，自行设计方案并完成实验；或专业实习实训内容，通过线上线下相结合的数字化实践平台、虚拟仿真平台等自主学习研究；或针对预设的企业实习内容，完成相关的综合大实验项目的设计和实验。

3．“创新创业”实践教学方法

该教学方法适用于创新创业类实验。以环境与健康、资源与环境、环境与生态、生态文明等内容为主题，以与生态环保产业实际需求相融合的学生科研、大学生创新创业训练计划项目、大学生创新创业大赛、环境科学竞赛、挑战杯竞赛、互联网+等综合项目为载体，实施导师制培养，学生自主组建创新团队，依托中心平台和开放实验室，共同协作完成实验任务。

4.“自主开放”实验教学方法

实验中心建立了实验教学开放运行机制，通过实验教学管理信息系统，在时间上推行24小时实验室开放服务；在空间上实行全方位开放，除按学科设置12个开放实验室之外，教学实验室、教师科研室、中心平台等亦对学生开放。学生在科研导师的指导下开展项目研究。

5．“虚实结合”实验教学方法

中心的基础实验课程全部实行了精品资源化，应用了多样化的教学技术手段，如实验演示、多媒体课件、动画、视频等。学生可以在课前或课后通过课程网站对实验教学内容进行学习，对实验过程进行思考和设计，对实验结果进行预估和评价。同时，通过虚拟数字资源的应用可以实现实体实验无法实现的内容，比如水污染控制全过程实验，通过虚拟动画可以演示污水经泵提升至调节池，经物理、生物和化学等处理单元的全过程。